У меня тоже в папке C://Windows\Microsoft.Net\Framework стоит только версия 4.0.30319, хотя в списке установленных программ (апплет "Программы и компоненты") стоит версия 4.6.2. Там же я посмотрел, куда установилась новая версия. Оказывается её путь такой: C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319\SetupCache\v4.6.01532. То есть получается, что она устанавливается лишь как обновление версии 4.0.
