По моему мнению легче всего переустановить систему, сохранив на другой носитель всё нужное. Также некоторые программы позволяют сохранить настройки. Например TotalCommander, NeXys, можно сохранить пароли в файл в браузере Google Chrome.
И на будущее -- делай резервные копии системы. Намой взгляд лучшая это Acronis True Image. В случае какого-то форсмажора буквально за пять минут у тебя будет система на момент создания образа. Я сам делаю такие копии раз в квартал.
